众所周知，仁、智、勇是孔子在《论语》当中所论述的三种君子应当同时具备的美德，但孔子在论述仁与智的关系，以及其自身的实践中，有一些值得注意的细微的差别：
一、从仁与智的性质上说时，孔子往往把两者看做一种对立关系。如说：“知者乐水，仁者乐山；知者动，仁者静；知者乐，仁者寿。”孔子曾数次把“仁”与“勇”连在一起讲，认为“仁”的性质里已经包含了“勇”。如说：“仁者必有勇。”(宪问第十四)却从来没有把“仁”与“智”连在一起讲过。反而分开来讲，如说：仁的表现是“爱人”，智的表现是“知人”(颜渊第十二)，“仁者安仁，知者利仁。”(里仁第四)意思是说，仁者安于仁，他本身就在仁之中；智者利用仁。即智者认识到仁对他有好处，所以讲仁。但众所周知，在儒家那里，利与仁是对立的。所以可以认为，在孔子看来，智本身还不是仁。
二、从“仁”外在表现来看，孔子认为，“仁”的外在表现并不是智，而是看起来有点愚。如有人称赞冉有“仁而不佞”，孔子虽未认同冉有为“仁”，但也赞同其“不佞”，即不太会说话；又认为做一个君子要“讷于言”，说：“刚毅木讷，则近仁。”(子路第十三)“仁者其言也仞。”(颜渊第十二)“巧言令色，鲜矣仁。”(阳货第十七)木讷者、言仞者，愚之谓也。口才好的，能巧言令色的，只会是智者，不可能是愚者。所以孔子实际上要说的是：仁者的外在表现更近于愚者，而外表上看起来聪明伶俐的人很少能是仁者。孔子又说，君子是容易受骗的人，也是没有小聪明的人。所以，不可以用小事情去试他，也不可以去骗他：“君子不可小知，而可大受也。”(卫灵公第十五)“君子可逝也，不可陷也；可欺也，不可罔也。”(雍也第六)而容易受骗，没有小聪明，这都是愚者的表现。所以孔子认为，单纯的仁者其实也就是个容易受骗的愚者：“好仁不好学，其蔽也愚。”(阳货第十七)孔子所欣赏的具有“仁”的品质之人多为看起来有些“愚”，而不是“智”。如孔子学生中最接近“仁”的颜回，就是看似愚的人，“吾与回言终日，不违如愚。退而省其私，亦足以发。回也不愚。”《为政篇第二》)(阳货篇第十七))朱熹在讲《论语》时，曾解释仁者与智者的区别：“仁只似而今厚重底人，知似而今伶利底人。”(语类第三十二卷·论语十四)也是说仁者看起来更近于愚这个意思。为什么会这样，因为按孔子的本意来说，“仁”是直接从内心发出的，是不需要学习的，“我欲仁，斯仁至矣。”(述而篇第七)孟子发挥了孔子这个思想，认为孝与悌都是先天的人性，“不学而能”、“不虑而知”，所以仁者有点愚也不要紧。智太多了反而容易造成“伪”。聪明之人往往会用各种手段掩饰自己，而这就违反了“仁”的基本要求。
三、孔子同时又认为，虽然仁与智性质上并不相同，但要做到“仁”却又离不开“智”。智是达到仁的手段与途径。这是因为，一方面，孔子虽然认为仁是从心中直接发出的，但在另一方面，在实际中对待仁的问题上，孔子又不是完全从各人的内心出发，而是把仁看作是“礼”与“心”的结合，而且实际上是把“礼”摆在了更加重要的位置。典型的情况就是宰予提出，对父母守孝三年太长了，能不能短一点。孔子问他，如果不守三年，你心安吗，宰予回答说：“安”，孔子就批评宰予“不仁也”。其理由就是：“子生三年，然后免于父母之怀。夫三年之丧，天下之通丧也。”(阳货第十七)，所以要做到仁不是说光从心出发，“心安”就行。心中天生的孝悌只是“仁之端”，要真正成长为符合社会规范的“仁”，还是要经过“礼”的学习，因为只有通过学习才可能知道“三年之丧”是“天下通丧”。所以君子须要“博文约礼”，“下学上达”，从简单的日常生活中悟出高深的道理，悟出“德性”。所以真正做到了仁的君子应当同时是一个努力学习的智者。按照子夏的说法，能做到“贤贤易色，事父母能竭其力，事君能致其身，与朋友交言而有信。”就一定要经过学习，“虽曰未学，吾必谓之学矣。”(学而篇第一)而“愚”的标志就是“困而不学”，所以要做一个真正的智者又不能太愚，而必须勤奋好学。
四、孔子虽然认为君子看起来应当有点愚，但他自己的为人行事却像一个智者，朱熹认为只有孔子能做到仁与智兼备，“唯圣人兼仁知，故乐山乐水皆兼之。自圣人而下，成就各有偏处。”(语类第三十二·论语十四)此言甚是。例如孔子并不“木讷”，也很善于“巧言”。他的学生问他什么是“仁”，他都根据问话学生的具体情况做不同的回答。子路勇猛，孔子就说“仁”是做事情迟缓，不能听到了就去做；而冉求做事迟缓，孔子就说“仁”就是听到了要马上去做。司马牛语言急躁，孔子就说“仁”是语言迟缓。孔子主张交友的第一原则就是“友直”，即表里如一。但他自己对学生却并不“直”。樊迟问他种菜怎么种时，孔子当面只说自己不懂，却在背后批评樊迟是小人。孔子对朋友也并不“直”。例如阳货很想见孔子，孔子不喜欢他，不去见他。于是阳货送孔子一头小猪，孔子收了礼，不得不去还礼，就想了个办法，他打听了个阳货不在家的日子，上门去拜访。由于孔子口才好，又善于“做人”，以至于有人以为孔子也是个“佞者”，《论语》记载一个叫微生亩的人就问孔子：“你为什么这样整天忙来忙去的呢？不是要逞你的口才吗？”(“丘何为是栖栖者与？无乃为佞乎？”)孔子不得不为自己辩解说：“我不是要逞口才，而是讨厌那种顽固不通的人。”(“非敢为佞也，疾固也。”《宪问篇第十四》)
孔子在“智”与“仁”理论上的矛盾，是由两者本身的差别与联系造成的。仁与智的这个矛盾成为后来儒家心学和理学两派分歧的源头。也就是在“仁”的修养方面到底是从“格物致知”出发还是从“诚意正心”出发的问题。
